Este objetivo geral é complementado por oito objetivos específicos:

1. identificar e avaliar as alterações relacionadas com processos de reestruturação económica e social;
2. desenvolver o pensamento crítico sobre a organização espacial;
3. formular diagnósticos ao nível europeu e nacional retratando tendências económicas, sociais e territoriais;
4. elaborar estudos, planos e programas de ordenamento territorial e urbano, nomeadamente: políticas de cidades e desenvolvimento urbano sustentável, através dos subtemas mobilidade, comunidades e cidades saudáveis, regeneração urbana, espaço público; organização dos sistemas urbanos e respetivos modelos de organização territorial; padrões de uso do solo com a recente evolução para os serviços de ecossistemas, destacando-se a componente dos agro-sistemas; 
5. discutir e avaliar a política de coesão , cooperação territorial e política europeia de ordenamento do território ;
6. analisar vulnerabilidades humanas e sociais, incluindo estudos de género e de saúde, em várias vertentes, nomeadamente os estudos de equidade no acesso à saúde, envelhecimento, determinantes de saúde em contexto urbano e efeitos na saúde física e mental e, ainda, uma vertente recente ligada à COVID-19.
7. desenvolver métodos e técnicas de apoio à tomada de decisão no planeamento regional e urbano, geoestatística, GIS, programação, bases de dados e áreas afins;
8. elaborar cenários de desenvolvimento territorial sustentável , numa perspetiva intersetorial e interdisciplinar.

Estes objetivos específicos são executados no âmbito de três abordagens diferentes: o desenvolvimento teórico, metodológico e a análise de inovação aplicada.

O MOPT debruça-se sobre diferentes domínios do conhecimento: geografia, estudos urbanos e regionais, o ordenamento do território, segurança energética e ambiental, geopolítica e recursos naturais, modelagem e SIG, as políticas europeias, coesão e políticas de cooperação territorial, a epidemiologia, os transportes e a mobilidade, de género e justiça social, resiliência dos sistemas urbanos, vulnerabilidade social e ambiental, formas urbanas sustentáveis, metabolismo urbano, agro-sistemas em ambientes urbanos, e comunidades sustentáveis e saudáveis.